Poljoprivredni fakultet kao organizaciona jedinica Univerziteta u Istočnom Sarajevu, sa tri studijska programa: Poljoprivreda, Šumarstvo i Agromediternska proizvodnja je uz Pravni fakultet jedini fakultet koji radi dislocirano, na tri lokacije: Istočnom Sarajevu, Bijeljini, Vlasenici i Trebinju. Sjedište Poljoprivrednog fakulteta smješteno je u zgradi Elektrotehničkog fakulteta u Istočnom Sarajevu i obuhvata površinu oko 1100 m2. 
Od 2010. godine na zahtjev grada Bijeljine, zbog iskazane potrebe i značaja Semberije za poljoprivrednu proizvodnju otvara se odjeljenje Poljoprivrednog fakulteta u Bijeljini, dok se u 2011. godini opština Vlasenica obraća Univerzitetu u Istočnom Sarajevu i Poljoprivrednom fakultetu da se otvori studijski program Šumarstvo, što je i realizovano. Od školske 2010/2011. godine počelo je sa radom odjeljenje u Bijeljini u okviru zgrade Centra za Visoko obrazovanje gdje se nalaze kancelarije studentske službe i profesora, dok su se za nastavni proces koristili amfiteatar i učionice zgrade odjeljenja Pravnog fakulteta u Bijeljini.
U ovoj zgradi je napravljen i laboratorijski prostor za izvođenje vježbi (Hemija, Biologija, Mikrobiologija, Agrohemija i srodni predmeti). Vremenom je Poljoprivrednom fakultetu obezbijeđen učionički prostor i u Centru, pa se danas veći dio nastavnog procesa organizuje u Centru za visoko obrazovanje. U Centru je studentima Poljoprivrednog fakulteta na raspolaganju i kabinet za Informatiku, kao i biblioteka i čitaonica.
Studijski program Šumarstvo, Poljoprivrednog Fakulteta u Istočnom Sarajevu počeo je sa radom školske 2011/2012 u Vlasenici u novootvorenoj zgradi površine 2036 m2. U 2015. godini i 2016. godini u okviru projekta Modernizacija univerziteta sva tri centra Poljoprivrednog fakulteta su opremljena modernim kancelarijskim, učioničkim i laboratorijskim namještajem.
Studijski program Agromediteranska proizvodnja Poljoprivrednog fakulteta počeo je sa radom školske 2022/23 godine u zgradi unutar kompleksa bivše kasarne u Trebinju, gdje se nalazi i Fakultet za proizvodnju i menadžment. Ovaj studijski program zbog opravdanog naziva u ovom podneblju budi veliko interesovanje đacima tj. budućim studentima. 
Za potrebe studijskog programa Agromediteranska proizvodnja adaptiran je dio prostora gdje su smještene učionice i kancelarije studentske službe, a studentima je na raspolaganju računarski kabinet, čitaonice i biblioteka.
