Организација Факултета успостављена је сходно одредбама Закона о високом образовању Републике Српске и Статута Универзитета у Источном Сарајеву. Пољопривредни факултет је организациона јединица Универзитета у Источном Сарајеву.
Надлежности Факултета у оквиру научно-наставног процеса, између осталог, подразумјевају:
- академско напредовање студената,
- реализацију студија на I, II и III циклусу,
- реализацију стручних пројеката из своје дјелатности,
- обављање и других дјелатности, за које испуњавају услове.
Органи Факултета су:
Наставно – научно вијеће Факултета
Наставно – научно вијеће Факултета чине запослени наставници и сарадници, са пуним радним временом, и студенти у складу са законским проиписима. Наставно – научно вијеће:
- доноси статут факултета,
- даје мишљење декану о академским, научним и стручним питањима,
- прати рад студената на Факултету,
- даје приједлоге Сенату Универзитета о измјенама у студијским програмима, наставним методама,
- предлаже ректору именовање декана и продекана,
- бира представника у Сенат,
- предлаже Сенату програм развоја организационе јединице,
- даје приједлоге Сенату за број студената, као и критеријум за упис на Факултет.
Декан
Декан представља и заступа Факултет у складу са надлежностима прописаним Законом о високом образовању и Статутом Универзитета у Источном Сарајеву.
Функцију декана Пољопривредног факултета у Источном Сарајеву обавља Доц. др Дејана Станић.
Поред дјелокруга послова утврђених Законом и поменутим статутом, декан Факултета надлежан је и за:
- одлучује о коришћењу средстава факултета, у складу са финансијским планом одобреним од стране Управног одбора Универзитета;
- обезбјеђује ефикасно, економично и цјелисходно коришћење средстава додјељених факултету, од стране Универзитета;
- заступа и представља факултет у складу са законом и Статутом Универзитета;
- извршава одлуке Вијећа факултета и органа Универзитета,
- доноси акте у складу са Статутом и другим општим актима Универзитета;
- предсједава сједницама Вијећа факултета;
- даје мишљење у поступку утврђивања систематизације радних мјеста на факултету;
- обавља и друге послове прописане овим Статутом или другим општим актима;
- заступа и представља факултет у правном промету са трећим лицима у оквиру уписане дјелатности,
- потписује јавне исправе и матичне евиденције који води факултет.
Продекани
Факултет, односно умјетничка академија, може имати продекане и то продекани за науку, истраживање и развој и продекан за наставу. Број и дужности продекана утврђују се Правилником о унутрашњој организацији и систематизацији радних мјеста на Универзитету. Продекане, на приједлог декана, именује и разрјешава Вијеће факултета, односно умјетничке академије. Мандат продекана траје до истека мандата декана.